La villa de Alcalá (de la era moderna) es fundada por 25 moros expulsados de Setenil de las Bodegas, tras su rendición ante los Reyes Católicos, los cuales se asentaron como vasallos en un lugar próximo, denominado El Castillón, al que llamaron «Al-kala».
Otra hipótesis más bien apunta a que se puede tratar de una ciudad desarrollada ya en Al-Ándalus , famosa por su «almona» o fábrica de jabón (que aparece referida como «Al-Kalá-haulán»).
Más tarde tras la desconfianza creada por su fortalecimiento, fueron obligados a desplazarse al Valle, junto a unos ricos manantiales luego denominados Fuente Grande y Peribáñez.
En 1559, ante la necesidad de hacer frente a los gastos de guerra heredados por Felipe II, se ponen en venta algunos pueblos y tierras con sus vecinos, entre los que se encontraba Alcalá, siendo adquirido por D.
Hernando Valdés, Arzobispo de Sevilla e Inquisidor General.
Posteriormente, en un plazo inferior a un año, la cedió a D.
Diego Bernuy, Regidor de Burgos, a quién se concedió el título de Mariscal de Alcalá por su ayuda a la Corona.
Después del término del sistema señorial se inicia una lucha legal para delimitar las tierras pertenecientes a los señores y a los municipios.
Así el pleito iniciado en 1763 contra el marqués de Benamejí (heredero de D.
Diego Bernuy) dio como fruto su separación del Señorío de Benamejí aunque no antes de realizar el pago a los herederos de Diego Bernuy y otro pago por quedar al amparo de la Corona, pese a lo cual se celebró por parte de los vecinos la recuperación de su jurisdicción.
Durante la edad moderna el pueblo formaba parte del Reino de Granada y, en su división menor, a lo que ahora es provincia de Málaga, pasando Alcalá del Valle a pertenecer a la provincia gaditana en 1834.
Pocos datos se conocen de la vida en Alcalá del Valle durante la Edad moderna, pues esta villa perdió «su memoria» en 1903, cuando en una huelga general de la población fueron incendiados los archivos del Ayuntamiento y los papeles del Juzgado; sólo queda el archivo parroquial, siendo el libro más antiguo el de Registros de Nacimientos, que data de 1546.
Recientemente se han hallado restos arqueológicos de un asentamiento de la época romana, en la zona de la Fuente Grande, que demuestran el antiquísimo origen alcalareño.
Ya está finalizada la obra de protección de esta parte de la villa romana original, dedicada a un molino de aceite y con anexos de producción caliza y cerámica.