Debido a su estratégica situación geográfica, han sido numerosas las civilizaciones que se han asentado en la zona de la desembocadura del Guadalquivir desde tiempos lejanos.
Su emplazamiento en una zona de tráfico costero marítimo originaba una gran actividad comercial facilitando la llegada de los pueblos fenicio, griego, cartaginés y romano.
Destacan los hallazgos de restos arqueológicos romanos diseminados por todo su término: la zona de Las Canteras, y los pagos de El Olivar, El Paraqué, Montijo y La Loma Alta, lo que hace pensar en la importancia de la zona en la época facilitando el auge del comercio de productos agrícolas, (vid, olivo y cereales), los metales o las salazones.
A esta época romana corresponde la torre-faro construida bajo las órdenes del cónsul Quinto Servilius Caepion (140 a.
C), conocida por varios autores clásicos como "Caepionis Turris", de donde procede y deriva el nombre de Chipiona.
En el siglo V la zona cae en poder de los Godos, pierde su importancia y se convierte en una simple ciudad de paso.
A partir del año 711, con la conquista musulmana, llega una etapa de la que han trascendido pocas noticias, por lo que no se puede afirmar que existiese Chipiona como pueblo.
Sin embargo, se tiene noticia de que existió una mezquita, probablemente en el lugar en el que hoy está la Iglesia de Ntra.
Sra. de la O, y una construcción defensiva donde se sitúa actualmente el castillo.
En 1251 fue conquistada por Fernando III, “El Santo”, y en 1295 el Rey Sancho IV prometió la zona entre los ríos Guadalquivir y Guadalete a Alonso Pérez de Guzmán "El Bueno", en las que se incluían Sanlúcar, Chipiona, Rota y Trebujena.
Sin embargo, sería su hijo, Fernando IV quien haría efectiva la cesión de estas tierras en 1297.
En 1469, Don Rodrigo Ponce de León Duque de Cádiz, hereda la villa de Chipiona, ya independiente de Rota.
El 7 de julio de 1477, otorga a sus habitantes la Carta Puebla, especie de contrato agrario colectivo que regulaba el uso de las tierras cultivables y el de los bienes del común.
Con la Carta Puebla se pretendió repoblar la zona, otorgando exenciones fiscales y privilegios, además de tierras y solares para viviendas.
El lugar recibió el nombre de Regla de Santa María.
Ya anteriormente, en 1471 se inició un conflicto en Andalucía que daría lugar en 1474 a una guerra civil por el trono, en el que se formarían dos bandos: la Casa de Medina Sidonia y la Casa de Arcos y señores de Chipiona, disputándose el reino de Sevilla (provincias actuales de Huelva, Sevilla y Cádiz).
Finalmente en 1477 los Reyes Isabel y Fernando visitan esta zona y consiguen la sumisión de D.
Rodrigo Ponce de León (Casa de Arcos).
El Descubrimiento de América en 1492 trajo consigo un espectacular crecimiento en el comercio y Chipiona se benefició de nuevo de su situación, ya que debido al monopolio de Sevilla con las nuevas tierras conquistadas, la Flota de Indias se veía obligada a remontar el Guadalquivir desde Sanlúcar, lo que provocó una prosperidad indirecta de toda la zona.
En 1702, dentro del contexto de la Guerra de Sucesión, se produjo el desembarco de la flota Anglo-Holandesa entre Rota y El Puerto de Santa María, el lugar donde estuvieron anclados fue frente a las costas de Chipiona.
Al terminar la guerra, los Borbones anulan los poderes de las casas nobles, y de este modo cesan en Chipiona los Ponce de León.
En 1755 el maremoto provocado por el terremoto de Lisboa pone en grave peligro las costas del municipio, ocasionando numerosos destrozos en edificios y corrales de pesca.
Según la tradición el municipio se salva gracias a la intervención milagrosa del Cristo de las Misericordias.
El siglo XIX se conforma como una de las épocas más prósperas de la localidad.
En 1863 se comienza a construir el faro, finalizándose cuatro años más tarde (1867).
Se trata del faro más alto de España, toda una obra de ingeniería de primer nivel cuya finalidad era indicar la entrada del río Guadalquivir.
En 1882 desembarcaron en las costas chipioneras los franciscanos, de la mano del Padre Lerchundi, quien fundó en Chipiona una escuela de misioneros para el norte de África y Tierra Santa.
Estos franciscanos serían además los artífices de la construcción del Santuario tal y como se conoce actualmente.
En octubre de 1892, con motivo de la celebración del IV Centenario del Descubrimiento de América se colocó la primera piedra del primer Hospital Marítimo de España, el Sanatorio de Santa Clara.
Esto propiciaría que muchas familias aristocráticas se establezcan en Chipiona, edificando diversos “chalets” y mansiones por toda la localidad, momento entonces cuando germina el turismo en Chipiona a lo largo de todas su playas.
Y es precisamente de esa época el hecho de que el Ayuntamiento concediese gratuitamente los terrenos colindantes, formados por los arenales, a personalidades relevantes de la sociedad: artistas, militares, grandes comerciantes, etc. a cambio de construir esas casas y viviendas en lo que hoy se conoce como Paseo Marítimo Costa de la Luz.
Ya en el siglo XX, en la década de los 60 se produce un intenso crecimiento del turismo en esta parte de la costa, favorecido por el incremento del poder adquisitivo de la clase media, las vacaciones anuales pagadas, por la mejora de las conexiones con Sevilla,…, que ha seguido permaneciendo hasta la actualidad.