Su historia es muy reciente, como asentamiento poblacional hay que remontarse hasta el año 1333 cuando la historia hace la primera mención sobre la Tunara (hoy barrio de La Atunara) probablemente un asentamiento pesquero y marinero de origen fenicio que mantuvo comercio con la ciudad de Carteya a fin de proveer pescado a la población.
El nombre de Atunara proviene del árabe y está directamente relacionado con la pesca del atún en almadrabas, hasta principios de la década de 1980 había una almadraba en la playa de Levante, este nombre así como la pesca con almadrabas es de origen árabe, esta zona estuvo mucho tiempo bajo dominio musulmán y perteneció tanto al califato de Sevilla como finalmente al merini de Granada.
Tras la reconquista y posteriores ordenaciones de los territorios, finalmente la zona quedó dentro de los límites del ayuntamiento de San Roque.
La ciudad de La Línea es relativamente joven, anteriormente figuraba como núcleo poblacional o barriada pedánea del ayuntamiento de San Roque del cual se emancipó en julio de 1870.
Tras la ocupación de Gibraltar por tropas inglesas, la monarquía española creó una línea defensiva de costa a costa con varios baluartes armados repartidos en la zona media y dos fuertes, uno en cada extremo, Santa Bárbara y San Felipe en honor al rey.
Esta enorme muralla se le llamó Línea de Contravalación y de ahí deriva el nombre de la ciudad, Línea de la Concepción, añadiéndole obviamente la mención a la patrona de la infantería.
Para el sustento y mantenimiento de las tropas fueron llegando todo tipo de comerciantes de zonas limítrofes, sobre todo de la provincia de Málaga, estos comerciantes vieron que era más rentable cultivar la tierra que traer la mercancía desde lugares lejanos pero el ejercito solo dio permiso para el cultivo, las pernoctaciones y la venta que realizaban estos colonos se hacía en otro lugar que finalmente dio como origen al barrio de La Colonia, pasados los años y ya con el permiso de los militares, los colonos decidieron asentarse junto a sus huertos y traer a sus familias, hasta el punto de formar un primer núcleo poblacional que en 1870 deciden tener su propio ayuntamiento, separándose definitivamente del de San Roque.