Sus orígenes se remontan a tiempos prehistóricos y sus tierras han sido testigos del asentamiento de diferentes culturas.
Esta ocupación ininterrumpida obedece a las características geográficas que confieren al lugar unas favorables condiciones de habitabilidad, como son, entre otras: la proximidad el río Guadalete, la posición estratégica en la que se encuentra (zona fronteriza), y a su vez, por ser nexo entre distintos términos.
Los hallazgos de herramientas de piedra fabricadas por el hombre, evidencian que el hombre cazador-recolector durante el Paleolítico Medio en Puerto Serrano, frecuentó la orilla del río Guadalete.
Así lo evidencian las piedras encontradas en este lugar.
Son tres los yacimientos encontrados con numerosas herramientas: el yacimiento de la Plaza Diamantino García, el yacimiento de La Redondilla (junto al antiguo vertedero) y el de El Hijuelo (junto al molino del mismo nombre).
En esta época, comprendida ente el año 3.000 y el 8.000 a.C., son muchos los restos materiales fabricados por el hombre encontrados en esta localidad y en sus alrededores más cercanos.
En la Ermita del Almendral y en la Fuente de Ramos existen cuervas artificiales que fueron talladas por el hombre, aprovechando oquedades naturales existentes en la roca, para enterrar a sus familiares en especie de panteones.
Estos sepulcros forman parte del fenómeno denominado “Megalítico”.
Fuente de Ramos, de formación caliza con abundante oquedades en forma de cuevas y abrigos, debe su nombre a un manantial de gran caudal que surge de la misma roca caliza, junto a las cuevas.
Ésta fue una de las fuentes del pueblo a las que acudían las mujeres a lavar.
Se sabe que estas comunidades vivían en aldeas al aire libre, en chozas construidas de piedra y materia vegetal.
Practicaban una economía basada en la agricultura y la ganadería, completando estas actividades con la pesca, la caza y la recolección de frutos silvestres.
Durante los últimos años de la Edad de Bronce, estas comunidades entraron en contacto con varios pueblos llegados del Mediterráneo Oriental: fenicios y griegos, pueblos que provocaron fuertes cambios en la cultura y las costumbres autóctonas, entre ellos el uso del hierro.
En la Ermita del Almendral, Cerro Poley, el Castellar, La Sombrerera y Pozo Amargo se han encontrado vestigios arqueológicos de esta época: cerámicas, ánforas de saco, cerámicas realizadas a torno que por el color de las pasta empleada se conocen como “grises” y cerámicas pintadas policromas.
La entrada de Puerto Serrano en el mundo romano se efectúa mediante un cambio en las estrategias de poblamiento.
La ciudad romana formada en Puerto Serrano se llamó Marciago.
Este nombre, puede venir de la deformación de la palabra Marciano, que aparece en algunos ladrillos o placas de cerámicas halladas en el yacimiento moronense de Balbuán, a pocos kilómetros de Puerto Serrano.
En estos ladrillos aparece una inscripción que dice: SALVO EPISC(O)PO MARCIANO.
Algunos autores coinciden en señalar que Marciano corresponde a un obispo astigitano (de Écija) que vivió en los últimos años del siglo VI d.C. y primeros del VII d.C., que fue depuesto de su sede entre los años 622 y 624.
Este polis romana se situaba en el lugar actualmente conocido como “Huerta del Médico”, También parece que en este lugar apareció una escultura de mármol que representa a Attis, que es una divinidad oriental cuyo nombre va unido de forma inseparable a la diosa Cibeles y su leyenda.
Se conocen varios grupos de enterramientos diseminados por todo el término: en la “Huerta de Murillo”, en las proximidades de “El Chaparral” o La Sombrerera.
En la Ermita del Almendral se han encontrado un conjunto de 9 estructuras, 7 de las cuales corresponden a enterramientos que fueron practicados en oquedades rectangulares labradas en la base del cerro.
La ubicación del término de Puerto Serrano como zona de paso y encrucijada de caminos, vuelve a ser un factor de gran importancia para el desarrollo de los procesos históricos.
El paso de visigodos y diferentes comunidades islámicas por estas tierras, procedentes de la costa gaditana y malagueña, atravesando Ronda hacia las campiñas sevillanas y gaditanas, tuvo que ser constante.
De esta época han sobrevivido algunas alquerías (casas de labor) con sistemas de almacenamiento, así como restos constructivos de carácter rural, el cual se conoce con el nombre de la “Ermita de la Gloria” perteneciente a la Edad Moderna.
También, durante la construcción de la Ermita en 1972, se halló en el interior de la cuerva una moneda de plata almohade.
Se podría decir que la ocupación musulmana de la Ermita es una ocupación rural, relacionada con la explotación agrícola de la campiña del Guadalete, situada entre la cora moronense, donde se situaría el segundo imperio bereber más adelante, el cual estableció como su capitalidad Isvililla (actual Sevilla), provincia a la que Puerto Serrano perteneció históricamente y de la que se disgregó en época reciente.
Esta zona se serranías fue conquistada por Fernando III el Santo.
Fuero los vecinos de Morón de la Frontera, una vez conquistada esta zona, los que pidieron permiso a la Corona para establecerse aquí en el año 1615.
Ginés Serrano de Molina y Cristóbal de Angulo Gumiel fueron los que reunieron a los vecinos de esta pequeña aldea que formaron y le pusieron el nombre de Puerto Serrano.
Debido a su situación estratégica, fue centro de organización de las guerrillas en la Guerra de la Independencia.
También, esta población fue muy castigada por el bandolerismo.
Puerto Serrano continuó siendo una aldea de Morón hasta que oficialmente fue eregido en villa en 1805, convirtiéndose oficialmente en 1806.
Aún así, Morón seguía nombrando al Alcalde pedáneo y a los Diputados de Justicia, llevando esto a que Puerto Serrano comenzara a pedir su autonomía en 1820.
Apoyado por la Constitución Española, el 1 de Febrero de 1821, el Ayuntamiento pide la total independencia, empezando a trabajar totalmente como autónomo reconociéndose su emancipación en 1835.