Distintas culturas antiguas se asentaron en el actual término de San Roque: iberos, fenicios, cartagineses y romanos dejaron testimonio de su presencia.
En este espacio se halló Carteia, la primera colonia latina de España, fundada en 171 a.C. en el emplazamiento de una ciudad con un importante puerto.
Fue ocupada por los musulmanes desde su entrada en la Península hasta poco antes de la conquista del reino de Granada en el 1462.
La Muy Noble y Más Leal Ciudad de San Roque, donde reside la de Gibraltar, se funda oficialmente en 1706.
No obstante, este pueblo blanco andaluz fue establecido por los habitantes españoles de Gibraltar el 4 de agosto de 1704.
La fundación fue un hito histórico sin precedente: una poderosa flota anglo-holandesa, comandada por el almirante Rooke tomó la Plaza de Gibraltar e izó la bandera anglosajona durante la Guerra de Sucesión.
Cinco mil orgullosos gibraltareños españoles rechazaron la oferta británica de permanecer en la ciudad, marchándose en bloque y asentándose en esta colina, donde se localizaba la antigua Ermita de San Roque, de 1508, a muy poca distancia de la ciudad usurpada.
Los habitantes del Peñón trajeron consigo todas las pertenencias que pudieron y sus preciadas reliquias.
Ejemplos del legado de Gibraltar Español se evidencian en el Pendón de Gibraltar (1502), concedida por los Reyes Católicos donde se conceden los títulos, autoridades y escudo de armas a Gibraltar.
Además, la Iglesia Santa María la Coronada alberga numerosas imágenes del siglo XVI al XVIII traídas de Gibraltar.
También se conservan los archivos eclesiásticos de Gibraltar desde 1556 al 1704 en el templo.
El Archivo Histórico contiene los archivos municipales del Ayuntamiento de Gibraltar desde 1502 a 1704.
El nuevo término municipal de San Roque pasó pues a ser el mismo que el de la ciudad de Gibraltar, exceptuando el Peñón.
La capital del municipio se estableció en la nueva población situada en el Cerro de San Roque, desde el 21 de mayo de 1706, fecha en la que se constituyó el primer Ayuntamiento de San Roque y considerada como de fundación de la ciudad.
Posteriormente, en 1755, la superficie de la ciudad se dividió en tres, dando lugar a dos nuevos municipios: Los Barrios y Algeciras.
A San Roque correspondió todo el frente oriental del antiguo término municipal de Gibraltar, con salida a la Bahía de Algeciras, el Mar Mediterráneo y limitando con la vecina provincia de Málaga.
En el año 1870, el actual término municipal de La Línea de la Concepción, población surgida en 1735 en torno a la fortificación de la Línea de Contravalación frente a Gibraltar, se segrega de San Roque, creando su propio Ayuntamiento el día 20 de julio del mismo año.
Hoy día, San Roque es un municipio amplio con un tejido industrial importante donde destacan la refinería de Gibraltar-San Roque, un complejo petroquímico y varias plantas de ciclo combinado.
La Ermita de San Roque se ha trasladado de su situación original al complejo Diego Salinas.
En la cumbre del cerro, la ermita original ha sido remodelada convirtiéndose en la Iglesia de Santa María la Coronada.